哈尔滨海参专卖店提醒您海参的内骨骼多不发达，必须用显微镜才能看见的许多微小石灰质骨片埋没于外皮之下，数目一般都很多。观察骨片应作些处理，最简单的方法是取一小片皮肤，置于玻片上，然后滴1-2滴次氯酸钠溶液于皮肤上，1-2分钟，次氯酸钠溶液会把皮肤组织腐蚀掉，而剩下骨片，再加1-2滴蒸馏水，盖上盖玻片，置于显微镜之下便能观察清楚。海参骨片形状美丽而多变，是海参分类最重要的依据，常见的骨片有桌形体、扣状体、杆状体、穿孔板、花纹样体、轮形体和锚形体等。海参骨片数量很多，有人计算过1个丑海参（Holothuriaimpatiens）有约2000万个骨片。

海参咽部围绕一环钙质骨板，称为石灰环，由10块骨板组成，5个辐位的骨板，称辐片，5个间辐位的骨板，称间辐片。石灰环是海参特有的器官，它可能和海胆的亚里士多德提灯（Aristotle's lantern）同源。石灰环形态在海参分类上也很重要。

消化道发达，开始于口，经过食道到肠管，肠管在体腔中作3次弯曲，先下降，再上升，再下降，后端膨大，形成泄殖腔，最后开口于肛门。肠管靠肠系膜附着于体壁上，泄殖腔富有肌肉，能膨胀和收缩。

体腔中有1个或两个中空的树枝状器官，后端会合于泄殖腔，称呼吸树或水肺，是海参的呼吸器官，靠泄殖腔的膨胀和收缩，水可以出入呼吸树而行呼吸作用。泄殖腔附近有许多细长的白色或淡红色的盲管，开口于呼吸树的基部，或者直接开口于泄殖腔，称居维氏器管，是海参的防御器官。但是并不是所有海参都有呼吸树和居维氏器官。

水管系统是棘皮动物特有的器官，其基本排列是：围绕食道有环水管，环具有石管和波里氏囊，并向各辐部分出5个辐水管，向前有分枝通至触手。辐水管有分枝通至管足，靠水的流入和流出，帮助海参运动。海参类的筛板多开口于体腔之内。

海参的神经系统和血系统基本上按水管系统排列。但是盾手目海参的血管系统特别发达，有非常复杂的血管丛，称为异网（retemirabile），和背血窦相连。

海参的体壁含有较厚的结缔组织，食用部分主要也是体壁部分。肌肉系统只是体壁上的5条或5对纵肌和环肌，才是真正的肌肉。